Caracterización genética de aislamientos de SARS-CoV-2 en las diferentes etapas pandémicas de COVID-19 en Cuba
Palabras clave:
COVID-19, Cuba, diversidad genética, SARS-CoV-2.Resumen
Introducción: El desarrollo de vacunas seguras y eficaces contra el SARS-CoV-2 supuso un enorme reto para enfrentar la pandemia de la COVID-19. La aparición de nuevas variantes del SARS-CoV-2 representa un reto en la evaluación de la efectividad de las vacunas, diferentes candidatos vacunales y terapéuticos desarrollados por la comunidad científica.Objetivos: Caracterizar la diversidad genética de aislamientos virales cubanos en el periodo comprendido entre junio de 2020 y diciembre de 2022.
Métodos: Se obtuvo el ARN de SARS-CoV-2 de 27 aislamientos a partir de sobrenadante de cultivo celular y se secuenció el gen S. Las secuencias generadas se emplearon para la identificación y posterior caracterización molecular de las variantes genéticas del virus mediante análisis filogenético y el uso de las herramientas disponibles en la base de datos GISEAD.
Resultados: Las variantes detectadas en los aislamientos cubanos de SARS-CoV-2 estudiados se correspondieron a las identificadas en los estudios de vigilancia genómica realizados en las diferentes etapas pandémicas de la COVID-19 en Cuba. El 33,3 % de los aislamientos secuenciados correspondieron a los diferentes linajes de la variante Ómicron, seguido de la variante Beta B 1.351 (29,6 %), otros linajes de SARS-CoV-2 (25,9 %), Alfa B 1.1.7 (7,4 %) y Delta B.1.575 (3,7 %). Se detectó la mutación D614G en todos los aislamientos de SARS-CoV-2 estudiados.
Conclusiones: La caracterización molecular de los aislamientos cubanos de SARS-CoV-2 tiene una elevada diversidad genética. Posibilita evaluar in vitro e in vivo los candidatos vacunales y agentes terapéuticos desarrollados por la industria biofarmacéutica cubana.
Descargas
Los datos de descargas todavía no están disponibles.
Citas
1. Pérez-Abeledo, M, and J C Sanz Moreno. SARS-CoV-2 variants, a still unfinished story. Vacunas. 2021; 22(3):173-9. DOI: 10.1016/j.vacun.2021.06.003
2. Tao K, Tzou PL, Nouhin J, Gupta R, de Olivera T, Kosakovsky Pond-S, et al. The biological and clinical significance of emerging SARS-CoV-2 variants. Nature Reviews/Genetics. 2021; 22: 757-73. DOI: 10.1038/s41576-021-00408-x
3. World Health Organization. Tracking SARS-CoV-2 variants 2022. WHO; 2022. [acceso: 26/06/2023]. Disponible en: https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/
4. Pérez L, Tejero Y, Aguado ME, Valdés O, Álvarez M, Kourí V, et al. Sequencing of S and N genes of SARS-CoV-2 strains circulating in Cuba during March- September 2020. Journal of Microbiology and Infectious Diseases. 2022;12 (3): 78-88. DOI: 10.5799/jmid.1175386
5. Guzmán MG, Pérez L, Tejero Y, Mederos D, Aguado ME, Pintos Y, et al. Emergence and evolution of SARS-CoV-2 genetic variants during the Cuban epidemic. J Clin Virol Plus. 2022; 2(4):100104. DOI: 10.1016/j.jcvp.2022.100104
6. Pérez-Santos L, Kourí-Cardellá V, Tejero-Suárez Y, Macías-Roig L, Pintos-Saavedra Y, Medero-Díaz D, et al. Epidemiological characterization of patients in the first eight weeks following detection of SARS-CoV-2 B.1.529 (omicron) variant in Cuba: MEDICC Review. 2022; 24(3-4):18-23. DOI: 10.37757/MR2022.V24.N3-4.6
7. Noa Romero E, Enriquez Puertas JM, Machado Zaldívar LY, González Sosa NL, Montero González TJ, Falcón Cama V, et al. SARS-CoV-2 Isolation from Cuban COVID-19 Patients. American Journal of Rare Disorders: Diagnosis and Therapy. 2020 [acceso: 26/06/2023]; 3(1):009-015. Disponible en: https://www.sciresliterature.org/RareDisorders/AJRDDT-ID18.pdf
8. CDC. Protocols for SARS-CoV-2 sequencing. U.S. Department of Health & Human Services; 2020. [acceso: 26/06/2023]. Disponible en: https://www.cdc.gov/amd/training/covid-toolkit/module3-6.html
9. Tamura KD, Peterson D. MEGA 5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol Biol Evol. 2011; 28(10):2731-39. DOI:10.1093/molbev/msr121
10. Laha S, Chakraborty J, Das S, Manna SK, Biswas S, Chatterjee R. Characterizations of SARS-CoV-2 mutational profile, spike protein stability and viral transmission. Infection, genetics and evolution: Journal of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics in Infectious Diseases. 2020; 85: 104445. DOI: 10.1016/j.meegid.2020.104445
11. Gouvea dos Santos W. Impact of virus genetic variability and host immunity for the success of COVID-19 vaccines. Biomedicine and Pharmacotherapy. 2021; 136: 111272. DOI: 10.1016/j.biopha 2021.111272
12. Brown JC, Goldhill DH, Barclay WS. Increased transmission of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 (VOC 2020212/01) is not accounted for by a replicative advantage in primary airway cells or antibody escape. bioRxiv preprint . 2021. DOI: 10.1101/2021.02.24.432576
13. Cathcart AL, Havenar-Daughton C, Lempp FA, Ma D, Schmid MA, Agostini ML, et al. The dual function monoclonal antibodies VIR-7831 and VIR-7832 demonstrate potent in vitro and in vivo activity against SARS-CoV-2. bioRxiv preprint. 2021. DOI: 10.1101/2021.03.09.434607
14. Wang Z, Schmidt F, Weisblum Y, Muecksch F, Barnes CO, Finkin S. mRNA vaccine-elicited antibodies to SARS-CoV-2 and circulating variants. Nature. 2021; 592: 616-622. DOI: 10.1038/s41586-021-03324-6
15. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, Starr TN, Malone K, Chu HY, et al. Comprehensive mapping of mutations in the SARS-CoV-2 receptor-binding domain that affect recognition by polyclonal human plasma antibodies. Cell Host & Amp; Microbe. 2021; 29(3):463-76. DOI: 10.1016/j.chom.2021.02.003
16. Beldarraín E, Alfonso I, Morales I, Durán F. Primer acercamiento histórico-epidemiológico a la COVID-19 en Cuba. Anales de la Academia de Ciencias de Cuba. 2020; 10(2):[aprox. 14 p.]. Disponible en: https://revistaccuba.sld.cu/index.php/revacc/article/view/862/866
17. Fall A, Eldesouki RE, Sachithanandham J, Paul Morris C, Norton JM, Gaston DC, et al. The displacement of the SARS-CoV-2 variant Delta with Omicron: An investigation of hospital admissions and upper respiratory viral loads. eBioMedicine. 2022; 79:104008. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2022.104008
18. Mohapatra RK, Tiwari R. Twin combination of Omicron and Delta variants triggering a tsunami wave of ever high surges in COVID-19 cases: A challenging global threat with a special focus on the Indian subcontinent. J Med Virol. 2022; 94(5):1761-5. DOI: 10.1002/jmv.27585
19. Callaway E. Heavily mutated coronavirus variant puts scientists on alert. Nature. 2021; 600(7887): 21. DOI: 10.1038/d41586-021-03552-w
2. Tao K, Tzou PL, Nouhin J, Gupta R, de Olivera T, Kosakovsky Pond-S, et al. The biological and clinical significance of emerging SARS-CoV-2 variants. Nature Reviews/Genetics. 2021; 22: 757-73. DOI: 10.1038/s41576-021-00408-x
3. World Health Organization. Tracking SARS-CoV-2 variants 2022. WHO; 2022. [acceso: 26/06/2023]. Disponible en: https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/
4. Pérez L, Tejero Y, Aguado ME, Valdés O, Álvarez M, Kourí V, et al. Sequencing of S and N genes of SARS-CoV-2 strains circulating in Cuba during March- September 2020. Journal of Microbiology and Infectious Diseases. 2022;12 (3): 78-88. DOI: 10.5799/jmid.1175386
5. Guzmán MG, Pérez L, Tejero Y, Mederos D, Aguado ME, Pintos Y, et al. Emergence and evolution of SARS-CoV-2 genetic variants during the Cuban epidemic. J Clin Virol Plus. 2022; 2(4):100104. DOI: 10.1016/j.jcvp.2022.100104
6. Pérez-Santos L, Kourí-Cardellá V, Tejero-Suárez Y, Macías-Roig L, Pintos-Saavedra Y, Medero-Díaz D, et al. Epidemiological characterization of patients in the first eight weeks following detection of SARS-CoV-2 B.1.529 (omicron) variant in Cuba: MEDICC Review. 2022; 24(3-4):18-23. DOI: 10.37757/MR2022.V24.N3-4.6
7. Noa Romero E, Enriquez Puertas JM, Machado Zaldívar LY, González Sosa NL, Montero González TJ, Falcón Cama V, et al. SARS-CoV-2 Isolation from Cuban COVID-19 Patients. American Journal of Rare Disorders: Diagnosis and Therapy. 2020 [acceso: 26/06/2023]; 3(1):009-015. Disponible en: https://www.sciresliterature.org/RareDisorders/AJRDDT-ID18.pdf
8. CDC. Protocols for SARS-CoV-2 sequencing. U.S. Department of Health & Human Services; 2020. [acceso: 26/06/2023]. Disponible en: https://www.cdc.gov/amd/training/covid-toolkit/module3-6.html
9. Tamura KD, Peterson D. MEGA 5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Mol Biol Evol. 2011; 28(10):2731-39. DOI:10.1093/molbev/msr121
10. Laha S, Chakraborty J, Das S, Manna SK, Biswas S, Chatterjee R. Characterizations of SARS-CoV-2 mutational profile, spike protein stability and viral transmission. Infection, genetics and evolution: Journal of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics in Infectious Diseases. 2020; 85: 104445. DOI: 10.1016/j.meegid.2020.104445
11. Gouvea dos Santos W. Impact of virus genetic variability and host immunity for the success of COVID-19 vaccines. Biomedicine and Pharmacotherapy. 2021; 136: 111272. DOI: 10.1016/j.biopha 2021.111272
12. Brown JC, Goldhill DH, Barclay WS. Increased transmission of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 (VOC 2020212/01) is not accounted for by a replicative advantage in primary airway cells or antibody escape. bioRxiv preprint . 2021. DOI: 10.1101/2021.02.24.432576
13. Cathcart AL, Havenar-Daughton C, Lempp FA, Ma D, Schmid MA, Agostini ML, et al. The dual function monoclonal antibodies VIR-7831 and VIR-7832 demonstrate potent in vitro and in vivo activity against SARS-CoV-2. bioRxiv preprint. 2021. DOI: 10.1101/2021.03.09.434607
14. Wang Z, Schmidt F, Weisblum Y, Muecksch F, Barnes CO, Finkin S. mRNA vaccine-elicited antibodies to SARS-CoV-2 and circulating variants. Nature. 2021; 592: 616-622. DOI: 10.1038/s41586-021-03324-6
15. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, Starr TN, Malone K, Chu HY, et al. Comprehensive mapping of mutations in the SARS-CoV-2 receptor-binding domain that affect recognition by polyclonal human plasma antibodies. Cell Host & Amp; Microbe. 2021; 29(3):463-76. DOI: 10.1016/j.chom.2021.02.003
16. Beldarraín E, Alfonso I, Morales I, Durán F. Primer acercamiento histórico-epidemiológico a la COVID-19 en Cuba. Anales de la Academia de Ciencias de Cuba. 2020; 10(2):[aprox. 14 p.]. Disponible en: https://revistaccuba.sld.cu/index.php/revacc/article/view/862/866
17. Fall A, Eldesouki RE, Sachithanandham J, Paul Morris C, Norton JM, Gaston DC, et al. The displacement of the SARS-CoV-2 variant Delta with Omicron: An investigation of hospital admissions and upper respiratory viral loads. eBioMedicine. 2022; 79:104008. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2022.104008
18. Mohapatra RK, Tiwari R. Twin combination of Omicron and Delta variants triggering a tsunami wave of ever high surges in COVID-19 cases: A challenging global threat with a special focus on the Indian subcontinent. J Med Virol. 2022; 94(5):1761-5. DOI: 10.1002/jmv.27585
19. Callaway E. Heavily mutated coronavirus variant puts scientists on alert. Nature. 2021; 600(7887): 21. DOI: 10.1038/d41586-021-03552-w
Publicado
23.02.2024
Cómo citar
1.
Machado Zaldívar LY, Noa Romero E, López Rizo LS, Blanco de Armas M, González Sosa NL, Enríquez Puertas J, et al. Caracterización genética de aislamientos de SARS-CoV-2 en las diferentes etapas pandémicas de COVID-19 en Cuba. Rev Cubana Med Milit [Internet]. 23 de febrero de 2024 [citado 29 de enero de 2025];53(1):e024016539. Disponible en: https://revmedmilitar.sld.cu/index.php/mil/article/view/16539
Número
Sección
Artículo de Investigación
Licencia
Aquellos autores/as que tengan publicaciones con esta revista, aceptan los términos siguientes:- Los autores/as conservarán sus derechos de autor y garantizarán a la revista el derecho de primera publicación de su obra, el cual estará simultáneamente sujeto a la Licencia de reconocimiento de Creative Commons. Los contenidos que aquí se exponen pueden ser compartidos, copiados y redistribuidos en cualquier medio o formato. Pueden ser adaptados, remezclados, transformados o creados otros a partir del material, mediante los siguientes términos: Atribución (dar crédito a la obra de manera adecuada, proporcionando un enlace a la licencia, e indicando si se han realizado cambios); no-comercial (no puede hacer uso del material con fines comerciales) y compartir-igual (si mezcla, transforma o crea nuevo material a partir de esta obra, podrá distribuir su contribución siempre que utilice la misma licencia que la obra original).
- Los autores/as podrán adoptar otros acuerdos de licencia no exclusiva de distribución de la versión de la obra publicada (p. ej.: depositarla en un archivo telemático institucional o publicarla en un volumen monográfico) siempre que se indique la publicación inicial en esta revista.
- Se permite y recomienda a los autores/as difundir su obra a través de Internet (p. ej.: en archivos telemáticos institucionales o en su página web) antes y durante el proceso de envío, lo cual puede producir intercambios interesantes y aumentar las citas de la obra publicada.
