Pruebas moleculares para la detección de SARS-CoV-2
Palabras clave:
COVID-19, pruebas moleculares, RT PCR, secuenciación.Resumen
Introducción: Los coronavirus generan enfermedades respiratorias, hepáticas o neurológicas, con gravedad variable en su huésped. La reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa en tiempo real es la metodología de referencia para confirmar la detección del virus SARS-CoV-2. Se realizó una revisión bibliográfica en el periodo de julio a noviembre de 2021, en los recursos disponibles en MEDLINE, SciELO, Pubmed y Elsevier. Del total de consultas se citaron 34 referencias.Objetivo: Describir las pruebas moleculares para la detección de SARS-CoV-2.
Desarrollo: Se han diseñado tres tipos de ensayos de rRT-PCR, para la detección de SARS-CoV-2. Las pruebas descritas son específicas para genes ARN (polymerase dependent RNA - RdRp), genes E (upE) y genes Nnes (N). Los Centros para la Prevención y Control de Enfermedades (CDC) de los EE.UU., han desarrollado la rRT-PCR dirigidos a la proteína N de la nucleocápside del material genético SARS-CoV-2, los ensayos genes E (upE) y gen de la proteína 1b (ORF 1b) se pueden complementar para la detección y confirmación.
Conclusiones: Las dianas que se emplean para la detección específica del genoma del SARS-CoV-2 por RT-PCR en tiempo real, se encuentran en las regiones ORF1a y 1b, RdRp, N, S y E del ARN viral.
Descargas
Los datos de descargas todavía no están disponibles.
Citas
1. De Groot RJ, Baker SC, Baric RS, Enjuanes L, Gorbalenya AE, Holmes KV, et al. Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV): Announcement of the Coronavirus Study Group. J Virol. 2013;87(14):7790-2.DOI:10.1128/JVI.01244-13
2. Gloza-Rausch F, Ipsen A, Seebens A, Göttsche M, Panning M, Drexler JF, et al. Detection and prevalence patterns of group I coronaviruses in bats, northern Germany. Emerg Infect Dis. 2008;14(4):626-31. DOI: 10.3201/eid1404.071439
3. Hamre D, Procknow JJ. A new virus isolated from the human respiratory tract. Proc Soc Exp Biol Med. 1966;121(1):190-3. DOI: 10.3181/00379727-121-30734
4. Drosten C, Günther S, Preiser W, van der Werf S, Brodt HR, Becker S. Identification of a novel coronavirus in patients with severe acute respiratory syndrome. N Engl J Med. 2003; 348(20):1967-76. DOI: 10.1056/NEJMoa030747
5. Fouchier RA, Hartwig NG, Bestebroer TM, Niemeyer B, de Jong JC, Simon JH, et al. A previously undescribed coronavirus associated with respiratory disease in humans. Proc Natl Acad Sci USA. 2004;101(16):6212-6. DOI: 10.1073/pnas.0400762101
6. Woo PC, Lau SK, Chu CM, Chan KH, Tsoi HW, Huang Y. Characterization and complete genome sequence of a novel coronavirus, coronavirus HKU1, from patients with pneumonia. J Virol. 2005; 79(2):884-95. DOI: 10.1128/JVI.79.2.884-895.2005
7. Zlateva KT, Coenjaerts FE, Crusio KM, Lammens C, Leus F, Viveen M. No novel coronaviruses identified in a large collection of human nasopharyngeal specimens using family-wide CODEHOP-based primers. Archives of Virology. 2013;158(1):251-5. DOI: 10.1007/s00705-012-1487-4
8. Lan L, Dan X, Guangming Y. Positive RT-PCR Test Results in Patients Recovered From COVID-19. JAMA. 2020;323(15):1502-03. DOI:10.1001/jama.2020.2783
9. Peng W, Xinxin H, Eric H Y, Jessica Y, Kathy S, Joseph T, et al. Real-time tentative assessment of the epidemiological characteristics of novel coronavirus infections in Wuhan, China. Euro Surveill Bull. 2020;25(3):pii=2000044. DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000044
10. Paules CI, Marston HD, Fauci AS. Coronavirus Infections-More Than Just the Common Cold. JAMA. 2020;323(8):707-8. DOI:10.1001/jama.2020.0757
11. Cuadra TE, Guadrón Meléndez AA, Cruz Aguilar R de J, Vásquez Rodriguez EA. Factores relevantes sobre el ensayo RT-PCR para la detección de SARS-CoV-2, virus causante del COVID-19. Alerta.2021;4(1): 31-9. DOI:10.5377/alerta.v4i1.10060
12. Palm D, Pereyaslov D, Vaz J, Broberg E, Zeller H, Gross D, et al.Laboratory capability for molecular detection and confirmation of novel coronavirus in Europe, November 2012. Euro Surveill. 2012;17(49):20335. DOI: 10.2807/ese.17.49.20335-een
13. Van Boheemen S, de Graaf M, Lauber C, Bestebroer TM, Raj VS, Zaki AM, et al. Genomic characterization of a newly discovered coronavirus associated with acute respiratory distress syndrome in humans. mBio. 2012;3(6): e00473-12. DOI: 10.1128/mBio.00473-12
14. Timothy M, Bernstein H, Bradley J, Englund J, File T, Gravenstein S, et al. Clinical Practice Guidelines by the Infectious Diseases Society of America: 2018 Update on Diagnosis, Treatment, Chemoprophylaxis, and Institutional Outbreak Management of Seasonal Influenza. Clinical Infectious Diseases. 2019; 68 (6): 1-47. DOI: 10.1093/cid/ciy866
15. Corman VM, Eckerle I, Bleicker T, Zaki A, Landt O, Eschbach-Bludau M. Detection of a novel human coronavirus by real-time reverse-transcription polymerase chain reaction. Euro Surveill. 2012;17(39): 20285. DOI: https://DOI.org/10.2807/ese.17.39.20285-en
16. Herzog P, Drosten C, Müller M. Plaque assay for human coronavirus NL63 using human colon carcinoma cells. Virol J. 2008;5(1):138-142. DOI: https://DOI.org/10.1186/1743-422X-5-138
17. Rabenau HF, Cinatl J, Morgenstern B, Bauer G, Preiser W, Doerr HW. Stability and inactivation of SARS coronavirus. Med Microbiol Immunol. 2005;194(1-2):1-6. DOI: 10.1007/s00430-004-0219-0
18. Yong CY, Ong HK, Yeap SK, Ho KL, Tan WS. Recent Advances in the Vaccine Development Against Middle East Respiratory Syndrome-Coronavirus. Front. Microbiol. 2019; 10:1781. DOI: 10.3389/fmicb.2019.01781
19. Liu R, Han H, Liu F, Lv Z, Wu K, Liu Y, et al. Positive rate of RT-PCR detection of SARS-CoV-2 infection in 4880 cases from one hospital in Wuhan, China, from Jan to Feb 2020. Clin Chim Acta. 2020; 505: 172-5. DOI: 10.1016/j.cca.2020.03.009
20. Corman VM, Landt O, Kaiser M, Molenkamp R, Meijer A, Chu D, et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020; 25(3):2000045. DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045
21. Corman VM, Müller MA, Costabel U, Timm J, Binger T, Meyer B, et al. Assays for laboratory confirmation of Novel human Coronavirus (hCoV-EMC) Infections. Euro Surveill. 2012; 17(49): 20334. DOI: 10.2807/ese.17.49.20334-en
22. Lippi G, Simundic AM, Plebani M. Potential preanalytical and analytical vulnerabilities in the laboratory diagnosis of coronavirus disease 2019 (COVID-19). Clin Chem Lab Med. 2020; 58(7):1070-1076. DOI: 10.1515/cclm-2020-0285
23. Ai T, Yang Z, Hou H, Zhan C, Chen C, Lv W, et al. Correlation of chest CT and RT-PCR testing in coronavirus disease 2019 (COVID19) in China: a report of 1014 cases. Radiology. 2020; 96(2): 32-40. DOI: 10.1148/radiol.2020200642
24. Long C, Xu H, Shen Q, Zhang X, Fan B, Wang C, et al. Diagnosis of the coronavirus disease (COVID-19): rRT-PCR or CT? Eur J Radiol. 2020; 126: 108961. DOI: 10.1016/j.ejrad.2020.108961
25. Shen Z, Xiao Y, Kang L, Ma W, Shi L, Zhang L, et al. Genomic diversity of SARS-CoV-2 in coronavirus disease 2019 patients. Clin Infect Dis. 2020; 71(15):713-720. DOI:10.1093/cid/ciaa203
26. Folegatti PM, Bittaye M, Flaxman A, Lopez FR, Bellamy D, Kupke A, et al. Safety and immunogenicity of a candidate Middle East respiratory syndrome coronavirus viral-vectored vaccine: a dose-escalation, open-label, non-randomised, uncontrolled, phase 1 trial. Lancet Infect Dis. 2020; 20(7):816-26. DOI: 10.1016/S1473-3099(20)30160-2
27. Pan American Health Organization / World Health Organization. Epidemiological Update: Novel Coronavirus (2019 nCoV) 20 January 2020. Washington, D.C.: PAHO/WHO; 2020.[acceso: 03/03/2020]. Disponible en: https://iris.paho.org/handle/10665.2/51851
28. Richardson P, Griffin I, Tucker C, Smith D, Oechsle O, Phelan A, et al. Baricitinib as potential treatment for 2019-nCoV acute respiratory disease. Lancet. 2020; 395(10223): e30-e31. DOI: 10.1016/S0140-6736(20)30304-4
29. Li Y, Xie Z, Lin W, Cai W, Wen C, Guan Y, et al. Efficacy and Safety of Lopinavir/Ritonavir or Arbidol in Adult Patients with Mild/Moderate COVID-19: An Exploratory Randomized Controlled Trial. Med (NY). 2020;1(1):105-113.e4. DOI: 10.1016/j.medj.2020.04.001
30. Pitts J, Li J, Perry J, Du Pont V, Riola N, Rodriguez L, et al. Remdesivir and GS-441524 retain antiviral activity against Delta, Omicron, and other emergent SARS-CoV-2 variants. BioRxiv. 2022;1(1):1-46.DOI: 10.1101/2022.02.09.479840
31. Ionescu MI. An Overview of the Crystallized Structures of the SARS-CoV-2. Protein J. 2020; 39(6): 600-18.DOI: 10.1007/s10930-020-09933-w
32. Lisa M. IL-6 blockers tested against COVID-19. C&EN. 2020; 98(11):13-20. DOI: 10.1021/cen-09811-buscon3
33. Cision PR Newswire. Inovio Accelerates Timeline for COVID-19 DNA Vaccine INO-4800. Pensilvania: Inovio Pharmaceuticals; 2020.[acceso: 03/03/2020]. Disponible en: https://www.prnewswire.com/news-releases/inovio-accelerates-timeline-for-covid-19-dna-vaccine-ino-4800-301015031.html
34. HusseyC. Moderna ships mRNA vaccine against novel coronavirus (mRNA-1273) for phase 1 study. Cambridge, Mass: Business Wire; 2020.[acceso: 24/02/2020]. Disponible en: https://www.bloomberg.com/press-releases/2020-02-24/moderna-ships-mrna-vaccine-against-novel-coronavirus-mrna-1273-for-phase-1-study
2. Gloza-Rausch F, Ipsen A, Seebens A, Göttsche M, Panning M, Drexler JF, et al. Detection and prevalence patterns of group I coronaviruses in bats, northern Germany. Emerg Infect Dis. 2008;14(4):626-31. DOI: 10.3201/eid1404.071439
3. Hamre D, Procknow JJ. A new virus isolated from the human respiratory tract. Proc Soc Exp Biol Med. 1966;121(1):190-3. DOI: 10.3181/00379727-121-30734
4. Drosten C, Günther S, Preiser W, van der Werf S, Brodt HR, Becker S. Identification of a novel coronavirus in patients with severe acute respiratory syndrome. N Engl J Med. 2003; 348(20):1967-76. DOI: 10.1056/NEJMoa030747
5. Fouchier RA, Hartwig NG, Bestebroer TM, Niemeyer B, de Jong JC, Simon JH, et al. A previously undescribed coronavirus associated with respiratory disease in humans. Proc Natl Acad Sci USA. 2004;101(16):6212-6. DOI: 10.1073/pnas.0400762101
6. Woo PC, Lau SK, Chu CM, Chan KH, Tsoi HW, Huang Y. Characterization and complete genome sequence of a novel coronavirus, coronavirus HKU1, from patients with pneumonia. J Virol. 2005; 79(2):884-95. DOI: 10.1128/JVI.79.2.884-895.2005
7. Zlateva KT, Coenjaerts FE, Crusio KM, Lammens C, Leus F, Viveen M. No novel coronaviruses identified in a large collection of human nasopharyngeal specimens using family-wide CODEHOP-based primers. Archives of Virology. 2013;158(1):251-5. DOI: 10.1007/s00705-012-1487-4
8. Lan L, Dan X, Guangming Y. Positive RT-PCR Test Results in Patients Recovered From COVID-19. JAMA. 2020;323(15):1502-03. DOI:10.1001/jama.2020.2783
9. Peng W, Xinxin H, Eric H Y, Jessica Y, Kathy S, Joseph T, et al. Real-time tentative assessment of the epidemiological characteristics of novel coronavirus infections in Wuhan, China. Euro Surveill Bull. 2020;25(3):pii=2000044. DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000044
10. Paules CI, Marston HD, Fauci AS. Coronavirus Infections-More Than Just the Common Cold. JAMA. 2020;323(8):707-8. DOI:10.1001/jama.2020.0757
11. Cuadra TE, Guadrón Meléndez AA, Cruz Aguilar R de J, Vásquez Rodriguez EA. Factores relevantes sobre el ensayo RT-PCR para la detección de SARS-CoV-2, virus causante del COVID-19. Alerta.2021;4(1): 31-9. DOI:10.5377/alerta.v4i1.10060
12. Palm D, Pereyaslov D, Vaz J, Broberg E, Zeller H, Gross D, et al.Laboratory capability for molecular detection and confirmation of novel coronavirus in Europe, November 2012. Euro Surveill. 2012;17(49):20335. DOI: 10.2807/ese.17.49.20335-een
13. Van Boheemen S, de Graaf M, Lauber C, Bestebroer TM, Raj VS, Zaki AM, et al. Genomic characterization of a newly discovered coronavirus associated with acute respiratory distress syndrome in humans. mBio. 2012;3(6): e00473-12. DOI: 10.1128/mBio.00473-12
14. Timothy M, Bernstein H, Bradley J, Englund J, File T, Gravenstein S, et al. Clinical Practice Guidelines by the Infectious Diseases Society of America: 2018 Update on Diagnosis, Treatment, Chemoprophylaxis, and Institutional Outbreak Management of Seasonal Influenza. Clinical Infectious Diseases. 2019; 68 (6): 1-47. DOI: 10.1093/cid/ciy866
15. Corman VM, Eckerle I, Bleicker T, Zaki A, Landt O, Eschbach-Bludau M. Detection of a novel human coronavirus by real-time reverse-transcription polymerase chain reaction. Euro Surveill. 2012;17(39): 20285. DOI: https://DOI.org/10.2807/ese.17.39.20285-en
16. Herzog P, Drosten C, Müller M. Plaque assay for human coronavirus NL63 using human colon carcinoma cells. Virol J. 2008;5(1):138-142. DOI: https://DOI.org/10.1186/1743-422X-5-138
17. Rabenau HF, Cinatl J, Morgenstern B, Bauer G, Preiser W, Doerr HW. Stability and inactivation of SARS coronavirus. Med Microbiol Immunol. 2005;194(1-2):1-6. DOI: 10.1007/s00430-004-0219-0
18. Yong CY, Ong HK, Yeap SK, Ho KL, Tan WS. Recent Advances in the Vaccine Development Against Middle East Respiratory Syndrome-Coronavirus. Front. Microbiol. 2019; 10:1781. DOI: 10.3389/fmicb.2019.01781
19. Liu R, Han H, Liu F, Lv Z, Wu K, Liu Y, et al. Positive rate of RT-PCR detection of SARS-CoV-2 infection in 4880 cases from one hospital in Wuhan, China, from Jan to Feb 2020. Clin Chim Acta. 2020; 505: 172-5. DOI: 10.1016/j.cca.2020.03.009
20. Corman VM, Landt O, Kaiser M, Molenkamp R, Meijer A, Chu D, et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020; 25(3):2000045. DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045
21. Corman VM, Müller MA, Costabel U, Timm J, Binger T, Meyer B, et al. Assays for laboratory confirmation of Novel human Coronavirus (hCoV-EMC) Infections. Euro Surveill. 2012; 17(49): 20334. DOI: 10.2807/ese.17.49.20334-en
22. Lippi G, Simundic AM, Plebani M. Potential preanalytical and analytical vulnerabilities in the laboratory diagnosis of coronavirus disease 2019 (COVID-19). Clin Chem Lab Med. 2020; 58(7):1070-1076. DOI: 10.1515/cclm-2020-0285
23. Ai T, Yang Z, Hou H, Zhan C, Chen C, Lv W, et al. Correlation of chest CT and RT-PCR testing in coronavirus disease 2019 (COVID19) in China: a report of 1014 cases. Radiology. 2020; 96(2): 32-40. DOI: 10.1148/radiol.2020200642
24. Long C, Xu H, Shen Q, Zhang X, Fan B, Wang C, et al. Diagnosis of the coronavirus disease (COVID-19): rRT-PCR or CT? Eur J Radiol. 2020; 126: 108961. DOI: 10.1016/j.ejrad.2020.108961
25. Shen Z, Xiao Y, Kang L, Ma W, Shi L, Zhang L, et al. Genomic diversity of SARS-CoV-2 in coronavirus disease 2019 patients. Clin Infect Dis. 2020; 71(15):713-720. DOI:10.1093/cid/ciaa203
26. Folegatti PM, Bittaye M, Flaxman A, Lopez FR, Bellamy D, Kupke A, et al. Safety and immunogenicity of a candidate Middle East respiratory syndrome coronavirus viral-vectored vaccine: a dose-escalation, open-label, non-randomised, uncontrolled, phase 1 trial. Lancet Infect Dis. 2020; 20(7):816-26. DOI: 10.1016/S1473-3099(20)30160-2
27. Pan American Health Organization / World Health Organization. Epidemiological Update: Novel Coronavirus (2019 nCoV) 20 January 2020. Washington, D.C.: PAHO/WHO; 2020.[acceso: 03/03/2020]. Disponible en: https://iris.paho.org/handle/10665.2/51851
28. Richardson P, Griffin I, Tucker C, Smith D, Oechsle O, Phelan A, et al. Baricitinib as potential treatment for 2019-nCoV acute respiratory disease. Lancet. 2020; 395(10223): e30-e31. DOI: 10.1016/S0140-6736(20)30304-4
29. Li Y, Xie Z, Lin W, Cai W, Wen C, Guan Y, et al. Efficacy and Safety of Lopinavir/Ritonavir or Arbidol in Adult Patients with Mild/Moderate COVID-19: An Exploratory Randomized Controlled Trial. Med (NY). 2020;1(1):105-113.e4. DOI: 10.1016/j.medj.2020.04.001
30. Pitts J, Li J, Perry J, Du Pont V, Riola N, Rodriguez L, et al. Remdesivir and GS-441524 retain antiviral activity against Delta, Omicron, and other emergent SARS-CoV-2 variants. BioRxiv. 2022;1(1):1-46.DOI: 10.1101/2022.02.09.479840
31. Ionescu MI. An Overview of the Crystallized Structures of the SARS-CoV-2. Protein J. 2020; 39(6): 600-18.DOI: 10.1007/s10930-020-09933-w
32. Lisa M. IL-6 blockers tested against COVID-19. C&EN. 2020; 98(11):13-20. DOI: 10.1021/cen-09811-buscon3
33. Cision PR Newswire. Inovio Accelerates Timeline for COVID-19 DNA Vaccine INO-4800. Pensilvania: Inovio Pharmaceuticals; 2020.[acceso: 03/03/2020]. Disponible en: https://www.prnewswire.com/news-releases/inovio-accelerates-timeline-for-covid-19-dna-vaccine-ino-4800-301015031.html
34. HusseyC. Moderna ships mRNA vaccine against novel coronavirus (mRNA-1273) for phase 1 study. Cambridge, Mass: Business Wire; 2020.[acceso: 24/02/2020]. Disponible en: https://www.bloomberg.com/press-releases/2020-02-24/moderna-ships-mrna-vaccine-against-novel-coronavirus-mrna-1273-for-phase-1-study
Publicado
05.07.2022
Cómo citar
1.
Oliva Menacho JE. Pruebas moleculares para la detección de SARS-CoV-2. Rev Cubana Med Milit [Internet]. 5 de julio de 2022 [citado 13 de marzo de 2025];51(3):e02201756. Disponible en: https://revmedmilitar.sld.cu/index.php/mil/article/view/1756
Número
Sección
Artículo de Revisión
Licencia
Aquellos autores/as que tengan publicaciones con esta revista, aceptan los términos siguientes:- Los autores/as conservarán sus derechos de autor y garantizarán a la revista el derecho de primera publicación de su obra, el cual estará simultáneamente sujeto a la Licencia de reconocimiento de Creative Commons. Los contenidos que aquí se exponen pueden ser compartidos, copiados y redistribuidos en cualquier medio o formato. Pueden ser adaptados, remezclados, transformados o creados otros a partir del material, mediante los siguientes términos: Atribución (dar crédito a la obra de manera adecuada, proporcionando un enlace a la licencia, e indicando si se han realizado cambios); no-comercial (no puede hacer uso del material con fines comerciales) y compartir-igual (si mezcla, transforma o crea nuevo material a partir de esta obra, podrá distribuir su contribución siempre que utilice la misma licencia que la obra original).
- Los autores/as podrán adoptar otros acuerdos de licencia no exclusiva de distribución de la versión de la obra publicada (p. ej.: depositarla en un archivo telemático institucional o publicarla en un volumen monográfico) siempre que se indique la publicación inicial en esta revista.
- Se permite y recomienda a los autores/as difundir su obra a través de Internet (p. ej.: en archivos telemáticos institucionales o en su página web) antes y durante el proceso de envío, lo cual puede producir intercambios interesantes y aumentar las citas de la obra publicada.